Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

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    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    fish007 - 10.10.2004, 16:52

    Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese
    Hallo!
    Hier mal eine Frage, die unbedingt ins Forum gehört - weiss nur nicht so genau, wohin damit. Denke mal, dass es hier ganz passend ist...
    Also:
    Was läuft bei der Auftrennung eines Plasmids im Ag-Gel wie schnell?
    Man erhält ja drei Banden, einmal das ccc(supercoiled)-Plasmid,
    dann das oc(open circular), mit Nick, und meist auch ein "linear".
    Logisch wäre für mich:
    sehr schnell: ccc , da kompakt
    mittel: linear, da ausrichtung in Porenrichtung möglich
    langsam: der ungespannte Ring, da er am sperrigsten ist...

    Tja aber wie das mit der Logik und der BC nun mal so ist...
    Wer´s sicher weiss, bitte antworten!



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    BryanBell - 10.10.2004, 18:35


    Du lagst mit deiner Annahme schon goldrichtig! Also CCC am weitesten, dann linear in der Mitte und dann open circular am kürzesten! Das wirst du aber im Versuch in vitro Mutagenese nochmal am Gel sehn!:)



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    Horny Nazgul - 10.10.2004, 19:30


    au ja, die scheiße beim gel im mutagenese-versuch ist, dass des mit einem nick dann vor dem linearen dings wäre, weil bei anderer interpretation sonst die kilobasen-anzahl net stimmen würde
    naja, ich habs im protokoll mal offen gelassen, was für ne kacke da auftaucht^^ eventuell fehlgebundener primer und so irgendein kürzeres produkt....aber bei dem riesenprimer auch unwahrscheinlich :roll:



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    fish007 - 10.10.2004, 20:00


    Zitat: Das wirst du aber im Versuch in vitro Mutagenese nochmal am Gel sehn!

    ...Deshalb bin ich ja gerade auf diesen Mist gekommen!

    @Horny Nazgul: Besten Dank für die Markergrößen, hatte ich mir nicht
    aufgeschrieben...*abschnorr 8)

    Dank ImageShack(siehe unten) - nu auch mein Gel, gut, oder?



    Ach ja, dann kann man also weiter schließen, dass DNA mit großer topologischer Spannung MEHR ET-Br einlagern kann als "labbrige",
    oder warum ist die ccc-Bande intensiver als das PCR-Addukt, dessen Menge um Größenornungen darüber liegt?!

    Das kam doch in irgendeiner Kllausur sinngemäß dran, schon wieder vergessen :oops:[/img]



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    Horny Nazgul - 10.10.2004, 20:56


    ne, die ohne spannung kann mehr einlagern, weil dabei eine positive superspiralisierung erzeugt wird. das hatte er gebracht zur auftrennung von plasmiden und kern-dna im cscl gradienten. mit mehr ethidiumbromid war die kern-dna leichter. so war die geschichte. keine ahnung, wieso das hier so ist.

    bilder kann man am einfachsten bei ImageShack hochladen! such einfach bei google danach :wink:

    und welche sau hat mein bild rauseditiert? :evil:



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    integer - 10.10.2004, 21:05


    so, habe jetzt extra für dieses praktikum ein neues forum aufgemacht...
    keine ahnung, warum das bild verschwunden ist. da hat niemand etwas rauseditiert. die fehlermeldung, die mir angezeigt wird, ist, dass das bild nicht gefunden werden kann...



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    Horny Nazgul - 10.10.2004, 21:10


    ach, merk mal einer so nen kleines rotes kreuzchen im iexplorer^^

    der server, wo's drauf ist, hat wohl gelahmt. is alles wieder da^^ na, dafür, dass es umsonst ist, kann man sich wohl auch net beschweren 8)



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    BryanBell - 10.10.2004, 22:55


    Imageshack is echt ne goile Sache! :n178: Jetzt funzt mein Avatar auch mal endlich... 8)



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    BryanBell - 11.10.2004, 15:13


    Das geht hier ja zu wie im Kindergarten! Ich sach ja wenn man den Käptn mal alleine lässt...! Wei siehts eigentlich mal mit ner Biochemieonline.com- Opening Party aus?



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    integer - 11.10.2004, 16:52


    Leute!!!
    irgendwann ist es auch mal genug. es muß nicht sein, dass das forum so zugemüllt wird. bryanbell hat schon recht, dass es hier zuging wie im kindergarten. aus diesem grund habe ich die unnötigen beiträge gelöscht. es soll jedem hier die möglichkeit gegeben werden, was zu schreiben. aber es soll auch jedem hier die möglichkeit gegeben werden, wichtige infos zu bekommen. und das ist so nicht möglich. bitte laßt das in zukunft sein. es macht mir auch eine gewisse arbeit, solche beiträge zu entfernen.
    für die leute, die trotzdem noch mal 20 jahre zurück in den kindergarten wollen, kann ich ja ein extra forum eröffnen.



    Re: Fragen zur Agarose-Gelelektrophorese

    AbsturZ| - 11.10.2004, 20:16


    Jetzt und in zukunft werde ich alle threads, die fachlich erledigt sind schließen, wenn offene fragen vorhanden sind, sendet mir eine pm. vielleicht brauchen wir doch ne trollecke ... :roll:



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